Vinculado por su origen a una familia de comerciantes españoles de temprana actuación política. Su padre, Pedro Francisco Berro, había sido integrante de la Junta de Montevideo y de Asamblea Constituyente de 1828 a 1829. Fue ministro de Gobierno (1845-1851) de Oribe durante el Gobierno del Cerrito, miembro de su Tribunal Supremo y una de las figuras más destacadas de aquella administración.

Durante la administración de Juan Francisco Giró, de quien fue su estrecho colaborador, fue Ministro de Gobierno nuevamente y también de Relaciones Exteriores, y objeto principal de los ataques de la oposición que terminaría derrocando a aquel gobierno, en septiembre de 1853.

Desde antes, por lo menos desde 1847, se había manifestado partidario de lo que la historiografía uruguaya conoce con el nombre de Política de Fusión, denominación que compete al proyecto de abolición de las divisas y vigencia integral de la Constitución de 1830, como forma de desplazar a los caudillos del poder político y la dirección de los asuntos de estado, hecho notorio durante la llamada Guerra Grande, por entonces en curso.

Fue electo presidente de la República el 1 de marzo de 1860 por la Asamblea General para el período constitucional 1860-1864, desempeñando íntegramente sus cuatro años de mandato, durante los cuales hubo de enfrentar nuevamente la oposición a aquellos principios políticos. Una de sus primeras medidas fue, precisamente, la prohibición del uso público de las divisas y la penalización severa de los infractores.

Influido por el modelo democrático conservador estadounidense, el que encomió en varios artículos de carácter político, Berro fue quizás uno de los primeros presidentes del Uruguay que intentó lograr la viabilización administrativa del estado, para lo cual dictó una serie de medidas que encontraron oposición incluso en los elementos más afines a él dentro de su gobierno.

De origen acomodado y de costumbres y hábitos patricios, Bernardo Berro sin embargo era individuo de una llamativa sencillez. Habitaba generalmente su quinta en el partido (hoy barrio montevideano) de Manga, a unos 15 kilómetros del centro de Montevideo, y trabajaba él mismo la tierra, lo que provocaba la sorpresa y el repudio de una élite aristocratizante que no concebía semejantes actitudes en un individuo de su cargo y de su clase.

Hubo de enfrentar, desde 1863, la insurrección antifusionista y luego, de hecho, colorada, de Venancio Flores, la cual, al final de su mandato, el 1 de marzo de 1864, no había podido sofocar, entre otras cosas, por la defección de algunos de sus colaboradores más inmediatos, como Andrés Lamas, que se pasaron abiertamente del lado del rebelde. Las desavenencias con sus generales también fueron causa adicional de la inacción militar de su gobierno.

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