Вторая жена — Софья Александровна Склифосовская, лютеранского вероисповедания (в 1914 г. приняла православие в Самсониевской церкви на Поле Полтавской битвы, была меценаткой учреждений на этой территории, т.к. валдела земельным участком). Будучи пприкованной к постели (некроз пальцев ног, как следствие диабета), зверски убита вместе с дочерью Тамарою Терской в имении Яковцы 4 (17) октября 1919 года во время налёта на Полтаву анархистов-махновцев банды Бибика. Похоронена 7 октября. Панахида по невинно убиенным состоялася 20 октября 1919 года в Архиерейском Покровском соборе Полтавы.
Дети:
Младшая дочь — Тамара Николаевна, 1888-1919 (в замужестве Терская), убита в имении Яковцы в 1919 году вместе с матерью. У Тамары и Александра Терских был сын Дмитрий (1907 г.р.). Последняя информация о нем - в 1916 г. Недобросовестно распространяемые слухи о наличии в этой семье двух дочерей являются выдумкой.
Сын — Борис (1878-1887). В память о нем отец устроил в Яковцах за свои деньг начальную школу для мальчиков и девочек.
Сын — Константин (1879-1891), имел юридическое образование, скончался в Ялте от воспаления лёгких.
Сын — Николай (17.06.1866 —06.12.1909), родился в Берлине, умер от туберкулеза в Лозанне (Швейцария), похоронен в Санкт-Петербурге. Детей не имел. Полковник со старшинством, командир полка, Герой русско-японской войны 1904-1906 годов.
Сын — Александр (1882-1905), юрист, помощник главы канцелярии полтавского губернатора князя Урусова, умер от туберкульоза через полтора месяца после смерти отца. Информация о его связи с террористами - наглая ложь.
Сын — Владимир (1874-1890), умер в Москве 16-летним от туберкульоза почек, осложненного моче-каменной болезнью. Писания о его связях с террористами - наглая ложь. Безусловно, этот первенец Софии Склифосовской был любимцем ее и отца. По всем сведениям, был очень талантливым юнношей, на честь которого в 1893 г. друг семьи П.И.Чайковский написал эллегию (ее такты выбыты на надмогильном памятнке, установленном в 2009 году).
Дочь — Ольга Николаевна Склифосовская-Яковлева (1865—1960), похоронена в Москве на кладбище Донского монастыря, рядом похоронен её муж[20] Яковлев Михаил Павлович (1855—1930), хирург и ассистент Н. В. Склифосовского, проживали с 1923 года в Москве на Арбате (в 1910-1918 годах была собственницей и директриссой гимназии в Голицыно для детей элиты; в советское время была домашней учительницей - репетиторной английского и енмецкого языков).
Дочь — Мария (1876-?), родилась с инвалидностью.
Сын - Вадим (1885-1886), умер в Яковцах в 6-месячном возрасте. Автор исправления нашел его надгробный памятник, организовал его реставрацию и установление рядом с могилами родных.
По состоянию на апрель 2024 года на погосте возле ныне разрушенной Соборно-Богородичной церкви на Дальних Яковцах (так с 1984 г. называется бывшее село, а теперь - микрорайон Полтавы) установлено 3 надгробных памятника. Утеряны: склепы Н.В.Склифосовского и его жены Софии Александровны (она при своей жизни распорядилась его подготовить), Тамары Терской, Бориса, Александра и Марии Склифосовских (по нашим сведениям, были снесены крестьянами окрестных деревень и использованы для строительства фундаментов в 1920-х годах; три из инх удалось разыскать, остальные - нет).
