
Když Josef II. v roce 1781 vydal toleranční patent, mohli se nekatolíci svobodně přihlásit ke své víře. V Novém Městě na Moravě k založení protestantského sboru došlo hned rok poté, v roce 1782, kdy se zdejší evangelíci augsburského a helvetského vyznání rozhodli postavit vlastní modlitebnu, školu, hřbitov a faru.
S městem bylo dohodnuto, že modlitebna bude moci být vystavěna téměř uprostřed města na místě zasypaného bývalého rybníčku, na Husím Rynku, dnešním Komenského náměstí.
Modlitebna byla dokončena v roce 1784. Nicméně 20. května 1801 propukl ve městě požár, který významně poničil i modlitebnu. Prošla nutnými opravami a sloužila svému účelu dál. S jejím stavem ovšem nebyli občané spokojeni, stejně jako krajský hejtman z Jihlavy, když v roce 1824 shledal stavbu „nedůstojnou posvátnému účelu“. Pro nedostatek financí však prošla opět pouze částečnými opravami, které musely vystačit dalších 50 let. Teprve v roce 1875 se staršovstvo sboru rozhodlo pro výstavbu zcela nového kostela.
Náboženskou rovnost s katolíky před zákonem získali pak členové tolerovaných církví v českých zemích Protestantským patentem z 8. dubna 1861. Rodiče po jeho vydání mohli svobodně rozhodovat o vyznání svých dětí, evangelické kostely (modlitebny) směly mít věže a zvony. Plná náboženská svoboda se stala skutečností až po vydání prosincové ústavy v roce 1867.