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La gobernación del Paraguay, llamada originalmente «Gobernación del Guayrá», fue un área administrativa integrante del Imperio español cuyo núcleo dio origen a la actual República del Paraguay.
Su territorio comprendía la actual república paraguaya con ambas orillas del río homónimo que era la tenencia de gobierno general de Asunción, además de las otras tenencias de gobierno dependientes, como la de Santiago de Jerez —actual estado brasileño de Mato Grosso del Sur— y la del Guayrá (presente estado brasileño de Paraná).
La capitulación del 21 de marzo de 1534 entre Pedro de Mendoza y la Corona española, creó la primera Gobernación del Río de la Plata, que luego fue también conocida como Gobernación del Paraguay con sede en Asunción, ciudad que fue fundada por Juan de Salazar y Espinosa en 1537.
En 1561 García Hurtado de Mendoza fue nombrado por su padre el virrey del Perú como gobernador de las áreas en donde Ñuflo de Chávez fundó Santa Cruz de la Sierra el 26 de febrero de 1551 y "La Barranca o Nueva Asunción" el 1 de agosto de 1559, quedando Ñuflo de Chávez como teniente de gobernador. De esta forma estos territorios quedaron desmembrados de la jurisdicción de la Gobernación del Paraguay y conocidos junto a la cercana gobernación al mando de Andrés Manso, como gobernaciones de Moxos. En 1564, Ñuflo de Chávez quedó como gobernador de ambas gobernaciones reunidas como gobernación de Santa Cruz de la Sierra.
En 1617 se produjo la división de esta gobernación, creándose la Gobernación del Paraguay o del Guayrá, siendo denominada Gobernación del Río de la Plata o de Buenos Aires, la parte sur con capital en esta última ciudad.
Fue parte integrante del Virreinato del Perú hasta 1776, fecha en la que quedó integrada en el Virreinato del Río de la Plata recién creado. Pasó a ser la Intendencia de Asunción del Paraguay en 1782, incluyendo los treinta pueblos de las Misiones guaraníes.
La división de la antigua gobernación del Río de la Plata y del Paraguay fue ordenada por una Real cédula de Felipe III de España el día 16 de diciembre de 1617, y fácticamente establecida desde el 17 de mayo de 1618, luego de terminar el mandato del último gobernador Hernando Arias de Saavedra, creándose de esta forma dos nuevas administraciones que originalmente una de ellas se le llamó «Gobernación del Guayrá», aunque terminó usándose el nombre de gobernación del Paraguay, y la otra, como gobernación del Río de la Plata.
Lista de Gobernadores
- Hernando Arias de Saavedra (1617-1618)
- Manuel de Frías (1618-1627)
- Luis de Céspedes García Xería (1628-1631)
- Martín de Ledesma Valderrama (1633-1636)
- Pedro Lugo de Navarra (1636-1641)
- Juan de Velasco Villasanti (1641)
- Gregorio de Hinestrosa (1641-1647)
- Diego de Escobar y Osorio (1647-1649)
- Bernardino de Cárdenas (1649)
- Sebastián de León y Zárate (1649-1650)
- Andrés Garabito de León (1650-1653)
- Cristóbal de Garay y Saavedra (1653-1656)
- Juan Antonio Blázquez de Valverde (1656-1659)
- Alonso Sarmiento de Sotomayor y Figueroa (1659-1662)
- Juan Diez de Andino (1662-1671)
- Francisco Rege Corvalán (1671-1675)
- Juan Diez de Andino (1681-1684)
- Antonio de Vera Mujica (1684)
- Alonso Fernández Montiel (1684-1685)
- Francisco de Monforte (1685-1691)
- Sebastián Félix de Mendiola (1692-1696)
- Juan Rodríguez Cota (1696-1702)
- Antonio de Escobar y Gutiérrez (1702-1705)
- José Avalos de Mendoza (1705)
- Sebastián Félix de Mendiola (1705-1706)
- Baltazar García Ros (1706-1707)
- Manuel de Robles Lorenzana (1707-1712)
- Juan Gregorio Bazán de Pedraza (1713-1717)
- Andrés Ortiz de Ocampo (1717)
- Diego de los Reyes Balmaceda (1717-1721)
- José de Antequera y Castro (1721-1725)
- Ramón de las Llanas (1725)
- Bruno Mauricio de Zabala (1725)
- Martín de Barúa (1725-1730)
- Ignacio de Soroeta (1731)
- Agustín de Ruiloba (1733)
- Juan de Arregui y Gutiérrez (1733)
- Cristóbal Domínguez de Ovelar (1733-1735)
- Bruno Mauricio de Zabala (1735-1736)
- José Martín de Echauri (1736-1740)
- Rafael de la Moneda (1740-1747)
- Marcos José Larrazábal (1747-1749)
- Jaime Sanjust (1749-1761)
- José Martínez Fontes (1761-1764)
- Fulgencio Yegros y Ledesma (1764-1766)
- Carlos Morphi (1766-1772)
- Agustín Fernando de Pinedo (1772-1778)
- Pedro Melo de Portugal (1778-1782)