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Virreyes
- 1492-1496: Cristóbal Colón —primer almirante— fue el primer virrey y gobernador general de Indias.
- 1496-1498: Bartolomé Colón —primer adelantado de las Indias desde 1497 a 1514— como segundo gobernador general de Indias o de La Española y dependencias.
- 1498-1500: Cristóbal Colón —primer almirante— siguió siendo el primer virrey pero esta vez como tercer gobernador general de Indias.
- 1500-1502: Francisco de Bobadilla —comendador— como cuarto gobernador general de las Indias.
- 1502-1504: Nicolás de Ovando —comendador— como quinto gobernador general de Indias.
- 1504-1505: Pedro de Estopiñán —segundo adelantado de las Indias— gobernador general de Indias, pero solo nominal por fallecer antes de pasar al Nuevo Mundo.
- 1504-1509: Nicolás de Ovando —comendador— continuando como quinto gobernador general de Indias.
- 1509-1515: Diego Colón —segundo almirante— como sexto gobernador general de Indias y, desde 1511, también como segundo virrey.
- 1515-1516: Cristóbal Lebrón —oidor de la real audiencia— como séptimo gobernador general de forma interina en sustitucion de Diego Velazquez de Cuellar
- 1516-1519: Luis de Figueroa, como octavo gobernador general interino, con Bernardino de Manzanedo e Ildefonso de Santo Domingo de la Orden de San Jerónimo.
- 1519-1520: Rodrigo de Figueroa, como noveno gobernador general de Indias.
- 1520-1524: Diego Colón —segundo almirante— como segundo virrey y décimo gobernador general de Indias.
Gobernadores de la Capitanía General de Santo Domingo
(Luego de los pleitos colombinos, la Corona española en 1534 reconoció nominalmente al muy joven Luis Colón los títulos de tercer almirante de la Mar Océana, undécimo gobernador general y tercer virrey de las Indias, heredados de su padre, pero nunca se hicieron efectivos13 ya que en 1535 erigieron el nuevo Virreinato de Nueva España y como capitanía general dominicana pasaría a ser una entidad autónoma dentro del mismo)
- 1535-1540: Alonso de Fuenmayor, que al pasar a ser La Española y dependencias una entidad autónoma virreinal novohispana continuó siendo presidente de la real audiencia y además pasó a ser el primer gobernador de la Capitanía General de Santo Domingo, y desde 1539, también como obispo de Santo Domingo y de Concepción de la Vega.
- 1540: Luis Colón de Toledo, almirante de las Indias,13 pero de forma nominal como gobernador con solo 18 años de edad, y desde 1542 hasta 1551 pasó a ser capitán general de isla La Española, ya que el título de virrey había sido trocado por los de duque-señor de Veragua13 y marqués-señor de la isla de Jamaica,13 desde 1537,13 a los que se le sumó en 1557 el de duque-señor de la Vega.
- 1540-1544: Alonso de Fuenmayor, continuó siendo presidente-gobernador y obispo.
- 1544-1549: Alonso López de Cerrato.
- 1549-1556: Alonso de Fuenmayor, arzobispo de Santo Domingo.
- 1556-1558: Alonso de Maldonado.
- 1558-1560: Juan López de Cepeda.
- 1560-1561: Juan Echagoyan.
- 1561-1564: Alonso Arias de Herrera.
- 1564-1565: Antonio de Osorio.
- 1565-1567: Alonso de Grajeda.
- 1567-1568: Diego de Vera.
- 1568-1572: Antonio de Mejía.
- 1572-1576: Francisco de Vera.
- 1576-1696: Asensio Amador
Presidentes, Gobernadores del a Capitanía
- 1577-1581: Gregorio González de Cuenca, presidente en 1575, y capitán general.
- 1581-1583: Pedro de Arceo
- 1583-1590: Cristóbal de Ovalle, con título previo de capitán general.
- 1590-1597: Lope de Vega Portocarrero, con los tres títulos mancomunados.
- 1597-1600: Diego de Osorio y Villegas
- 1600-1608: Antonio de Osorio
- 1608-1624: Diego Gómez de Sandoval
- 1624-1634: Diego de Acuña, Caballero de la Orden de Alcantara tuvo inconvenientes localmente por lo cual paso a Guatemala y quedo como interino D. Juan Martinez Thenorio
- 1634-1646: Juan de Bitrián y Viamonte, maestre de campo
- 1646-1649: Nicolás Altamirano Velasco castellano de la Fuerza de San Juan de Ulua sucedio a D. Juan Bitrian y Biamonte. Su nombramiento salio en 1644 pero tomo posesion en 1643-1649 murio en esta ciudad le sucedio el oidor el Licenciado D. Juan Melgarejo.
- 1649-1652: Gabriel de Chaves Osorio, maestre de campo
- 1652-1657: Bernardino de Meneses Bracamonte y Zapata, conde de Peñalva
- 1657-1658: Félix de Zúñiga y Avellaneda
- 1658-1660: Pérez Andrés Franco
- 1660-1662: Juan Francisco de Montemayor Córdoba y Cuenca
- 1662-1670: Juan de Balboa y Mogrovejo
- 1670-1671: Pedro de Cobos y Carvajal
- 1671-1677: Ignacio de Zayas Bazán, maestre de campo
- 1677-1679: Juan de Padilla Guardiola y Guzmán
- 1679-1684: Francisco de Segura Sandoval y Castilla, maestre de campo
- 1684-1689: Andrés de Robles, maestre de campo
- 1689-1698: Ignacio Pérez-Caro y Fernández de Oviedo, almirante
- 1698-1699: Gil Correoso Catalán, maestre de campo
- 1699-1702: Severino de Manzaneda
- 1702-1706: Ignacio Pérez-Caro y Fernández de Oviedo, almirante
- 1706-1707: Sebastián de Cerezeda y Girón
- 1707-1713: Guillermo Morfi
- 1713-1714: Pedro de Niela y Torres, brigadier
- 1714-1715: Antonio Landeche, coronel
- 1715-1723: Fernando Constanzo y Ramírez, brigadier y caballero de Santiago
- 1723-1732: Francisco de la Rocha y Ferrer, coronel
- 1732-1739: Alfonso de Castro y Mazo, brigadier
- 1739-1750: Pedro Zorrilla y de San Martín, brigadier y marqués de la Gándara Real
- 1750: Juan José Colomo, brigadier
- 1750-1751: José de Zunnier de Basteros, lugarteniente del rey
- 1751-1759: Francisco Rubio y Peñaranda , brigadier
- 1759-1771: Manuel Azlor de Aragón y Urríes, Virrey de Navarra, mariscal de campo
- 1771-1779: José Solano y Bote , brigadier
- 1779-1785: Isidro de Peralta y Rojas , brigadier
- 1785-1786: Joaquin García y Moreno Joaquín García y Moreno, coronel
- 1786-1788: Manuel González de Aguilar Torres de Navarra y Montoya , brigadier
- 1788-1801: Joaquín García y Moreno , brigadier llegó a Santo Domingo al final de la década de 1760, en 1785, siendo teniente del rey y sargento mayor de la plaza de Santo Domingo, fue nombrado gobernador interino de la colonia, hasta 1786, después volvió a desempeñar el mismo cargo entre 1788 y 1789, fue Capitán General y Gobernador de Santo Domingo hasta 1801, cuando las tropas españolas abandonaron la colonia)
Cronistas Mayores de las Indias
- Juan Lopez de Velasco