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The Mongols, in the years following their heyday in 13th century, retreated to the territories of (modern state) Mongolia and China's Inner Mongolia, as well as large regions in today's Russia. Starting in early 1600s, they became allied with, or subject to, Manchu's rules. Throughout the centuries the Mongolian aristocrats were bestowed various titles of Khans and Princes, and were frequently married with the Aisin Gioro clan, the imperial family.
Language here is a big issue. The documents available are in Mongolian, Manchu, and (most readily available) in Chinese. The Mongolian is of course in the traditional script, not the one used in modern Mongolia, which adopted a Cyrillic script under Soviet influence. The following is taken from a Chinese source, but of course other language experts are very welcome to contribute.
The most notable family is by far the descendants of Genghis Khan, who by now took the surname Borjigit, or 博爾濟吉特 in Chinese.
『科尔沁部』
- 扎萨克和硕图谢图亲王：第一代上奥巴，末代是业喜海顺
- 扎萨克和硕达尔汉亲王：第一代是那木济勒色
- 和硕卓哩克图亲王：第一代是色旺端鲁布
- 多罗郡王：第一代是奇塔特，末代是那兰格呼勒
- 扎萨克多罗扎萨克图郡王：第一代是布达齐，末代是乌泰
- 扎萨克多罗冰图郡王：第一代是棍楚克苏隆
- 扎萨克博多勒噶台亲王：第一代是彰吉伦，末代是阿穆尔灵圭
『喀喇沁部』
- 扎萨克品级多罗杜稜郡王：第一代是贡桑诺尔布
『敖汉部』
- 扎萨克多罗郡王：第一代是班第，末代是勒恩扎勒诺尔赞
- 扎萨克多罗郡王：第一代是索诺木杜稜，末代是色凌端鲁布 *
『奈曼部』
- 扎萨克多罗达尔汉郡王：第一代是苏珠克图巴图尔
『巴林部』
- 扎萨克亲王品级多罗郡王：第一代是色布腾，末代是札噶尔
『翁牛特部』
- 扎萨克多罗杜稜郡王：第一代是逊杜稜，末代是赞巴勒诺尔布
『乌珠穆沁部』
- 扎萨克和硕车臣亲王：第一代是多尔济，末代是索特那木喇布坦，
『浩齐特部』
- 扎萨克多罗额尔德尼郡王：第一代是博罗特，末代是色隆托济勒
- 扎萨克多罗郡王：第一代是噶尔玛色，末代是桑达克多尔济
『苏尼特部』
- 扎萨克多罗郡王：第一代是腾机思，末代是玛克苏尔扎布
- 扎萨克多罗杜棱郡王：第一代是叟塞，末代是德木楚克栋鲁布
『阿巴噶部』
- 多罗卓哩克图郡王：第一代是多尔济，末代是布彦乌勒哲依
- 扎萨克多罗郡王：第一代是都思噶尔，末代是杨桑
『四子部』
- 扎萨克多罗达尔汉卓哩克图郡王：第一代是鄂木布，末代是勒旺诺尔布
『鄂尔罗斯部』
- 扎萨克多罗郡王：第一代是额璘臣，末代是特古斯阿勒坦
『喀尔喀土谢图汗部』
- 土谢图汗：第一代是察珲多尔济，末代是达什尼玛
- 扎萨克多罗郡王：第一代是固噜什喜，末代是阿囊达瓦齐尔
- 扎萨克和硕亲王：第一代是车木楚克纳木扎勒，末代是杭达多尔济
- 扎萨克多罗郡王：第一代是西第什哩，末代是车林巴布
『喀尔喀车臣汗部』
- 车臣汗：第一代是乌默客，末代是阿克旺那林
- 扎萨克和硕亲王：第一代是纳木扎勒，末代是旺堆多尔济
- 扎萨克多罗郡王：第一代是朋素克，末代是多尔济帕喇穆
『喀尔喀扎萨克图汗部』
- 扎萨克图汗兼多罗郡王：第一代是朋素克喇布坦，末代是索特木那木坦
『喀尔喀赛因诺颜部』
『阿拉善厄鲁特部』
- 扎萨克和硕亲王：第一代是和罗哩，末代是塔旺布鲁克札勒
『青海厄鲁特部』
- 扎萨克多罗郡王：第一代是察罕丹津，末代是巴勒珠尔喇布坦
- 扎萨克多罗郡王：第一代是策旺喇布坦，末代是鞥克济尔噶勒
- 扎萨克多罗郡王：第一代是衮布，末代是栋阔林沁
『杜尔伯特部』
- 扎萨克特古斯库鲁克达赖汗：第一代是车凌，末代是噶勒章那木济勒
- 扎萨克和硕亲王：第一代是车凌乌巴什，末代是索特那木扎木柴
- 扎萨克多罗郡王：第一代是车凌蒙克，末代是都格莫勒
『土尔扈特部』
- 扎萨克卓哩克图汗：第一代是渥巴锡，末代是布颜蒙库
- 扎萨克和硕布延图亲王：第一代是策伯克多尔济，末代是鄂罗勒默扎布
- 扎萨克多罗毕锡哷勒图郡王：第一代是巴木巴尔，末代是帕勒塔
- 扎萨克多罗弼哩克图郡王：第一代是舍棱，末代是密什克栋固噜布
- 舒尔哈齐之子恪僖贝勒图伦次女：由皇太极抚养宫中，封和硕公主，嫁科尔沁土谢图汗奥巴。
- 克勤郡王岳托之女：嫁科尔沁达尔汉亲王满珠习礼。
- 克勤郡王岳托之女：嫁巴林部固山贝子塞棱。
- 努尔哈赤第三女：嫁敖汉部索诺木杜棱。
- 皇太极长女：嫁敖汉部台吉班第。
- 舒尔哈齐子贝勒寨桑武之女：嫁巴林部贝勒塞腾礼。
- 代善第五女：嫁科乐沁台吉多尔济（布塔奇之子）。
- 饶余郡王阿巴泰之女：嫁土默特部布尔哈图岱达尔汉。
- 皇太极第四女雍穆公主：嫁科尔沁幙吴克善之子弼尔塔哈尔。
- 饶余郡王阿巴泰之女：嫁科尔沁贝勒绰尔济。
- 舒尔哈齐子贝勒寨桑武之女：嫁科尔沁扎萨克图杜棱布塔齐之子台吉诺尔布。
- 代善次女：嫁奈曼部台吉巴达礼。
- 皇太极次女：嫁察哈尔林丹汗之子额哲。
- 克勤郡王岳托之女：嫁科尔沁达尔汉卓礼克图巴敦台吉。
- 皇太极第三女端靖公主：嫁科尔沁索诺木（孝端后之侄）之子奇塔特。
- 褚英之女：嫁科尔沁巴图鲁郡王满珠习礼。
- 颖亲王萨哈廉次女：嫁苏尼特部多罗郡王腾机思。
- 郑亲王济尔哈朗之女：嫁阿鲁科尔沁部贝子穆章。
- 皇太极第八女永安公主：嫁科尔沁巴达礼亲王之子巴雅斯祜朗。
- 英亲王阿济格之女：嫁杜尔伯特部台吉扎穆索。
- 英亲王阿济格第四女：嫁翁牛特部杜棱郡王博多和。
- 皇太极第十一女：嫁阿巴垓部噶尔玛索诺木。
- 皇太极第五女淑慧公主：嫁巴林辅国公色布腾。
- 承泽亲王硕塞之女郡主：嫁科尔沁多罗贝勒沙津。
- 简亲王济度第三女端敏公主：顺治抚养于宫中，封公主，嫁科尔沁达尔汉亲王班第。
- 简亲王济度长女郡主：嫁阿鲁科尔沁多罗郡王塞棱多尔济。
- 多铎第八女：嫁科尔沁部鄂齐尔（生母为雍穆公主）。
- 端重亲王博洛之女：嫁察哈尔亲王布尔尼。布尔尼。
- 贝子彰泰之女县君：嫁巴林部多罗郡王纳穆达克。
- 恭亲王常宁长女纯禧固伦公主：康熙抚养于宫中，封纯禧和硕公主，后进封为固伦公主。嫁科尔沁头等台吉班第（奇塔特之孙）。
- 安亲王岳乐之女：嫁土默特贝勒额尔德穆图。
- 康熙帝第三女荣宪公主：嫁巴林部额驸色布腾之孙乌尔衮。
- 庄亲王博果铎长女：嫁巴林部公爵纳穆札。
- 康熙第五女端静公主：嫁喀喇沁杜棱郡王扎什之子噶尔臧。
- 康熙第六女恪靖公主：嫁喀尔喀郡王敦多布多尔济。
- 显亲王丹臻之妇：嫁科尔沁贝勒喇什。
- 庄亲王博果铎之女：康熙抚养宫中，封郡主。嫁阿拉善郡王阿宝。
- 贝子罗托之子富达礼之女：宫中抚养，封郡君，嫁喀尔喀扎萨克图汗和硕亲王策旺扎普。
- 直郡王允禔长女郡主：嫁科尔沁台吉多尔济色棱。
- 康熙第十女纯悫公主：嫁喀尔喀台吉策凌。
- 康熙第十三女温恪公主：嫁翁牛特部杜棱郡王苍津。
- 康熙第古五女敦恪公主：嫁科尔沁台吉多尔济。
- 显亲王丹臻之女：嫁敖汉部台吉罗卜藏。
- 裕亲王福全之女：嫁科尔沁和硕达尔汉亲王罗卜藏衮布（班第长子）。
- 恒亲王允祺长女：嫁喀喇沁部纳穆赛。
- 淳亲王允佑第五女郡主：嫁奈曼部达尔汉郡王垂忠。
- 淳亲王允佑次女郡主：嫁敖汉部三等台吉多尔济拉史。
- 诚亲王允祉次女郡主：嫁喀尔喀头等台吉根扎普多尔济。
- 裕亲王保泰长女郡主：嫁科尔沁头等台吉策旺多尔济。
- 贝子允禟长女郡主：嫁厄鲁特郡王色布腾旺布。
- 恂郡王允禵次女郡主：嫁喀喇沁贝子们衮扎布。
- 恒亲王允祺次女郡主：嫁厄鲁特部郡王策凌旺布。
- 贝子允禟次女：嫁巴林郡王凌布。
- 诚亲王允祉第三女郡主：嫁喀喇沁多罗杜楞郡王伊达木扎布。
- 废太子允礽第三女郡主：嫁土默特达尔汉贝勒阿拉布坦。
- 履亲王允祹长女郡主：嫁科尔沁台吉达尔玛达都。
- 废太子允礽第六女淑慎和硕公主：雍正抚养宫中封和硕公主。嫁科尔沁贝子观保。
- 恂郡王允禵第五女郡主：嫁厄鲁特多罗郡王色布腾旺布。
- 怡亲王允祥第四女和惠公主：雍正抚养宫中，封公主。嫁喀尔喀世子多尔济色布腾。
- 淳亲王允佑第七女郡主：嫁科尔沁二等台吉色布腾多尔济。
- 庄亲王允禄长女端柔公主：雍正抚养宫中，封公主。嫁科尔沁郡王齐默特多尔济。
- 恒亲王允祺第四女县君：嫁科尔沁冰图郡王伊锡班第。
- 直郡王允禔第十三女郡主：嫁喀喇沁贝勒僧衮扎布。
- 庄亲王允禄第八女县主：嫁阿拉头号贝勒罗卜藏多尔济。
- 恒亲王允祺子弘昂次女：嫁喀喇沁郡王喇特纳锡第。
- 慎郡王允禧第三女县主：嫁喀尔喀郡王桑赛多尔济。
- 泰郡王弘春长女：嫁喀喇沁贝子瑚图灵阿。
- 乾隆第三女和敬公主：嫁科尔沁色布腾巴勒珠尔。
- 和亲王弘昼长女和婉公主：乾隆抚养宫中，封公主。嫁巴林部郡王堪钦之子德勒克。
- 諴亲王允秘之女：嫁科尔沁班珠尔（达尔玛达都之子）。
- 贝勒允祁次女：嫁科尔沁公爵哈达（贝勒绰尔济曾孙）。
- 理亲王弘晰第十二女郡君：嫁厄鲁特亲王道齐。
- 辅国将军弘明次女：嫁厄鲁特郡王罗布扎。
- 乾隆第七女和静公主：嫁喀尔喀定边左副将军成衮扎布之子拉旺多尔济。
- 怡亲王弘晓长女郡主：嫁科尔沁三等台吉敏珠尔多尔济。
- 二等侍卫永璞长女：嫁翁牛特部郡王博达扎布。
- 循郡王永璋长女县君：嫁喀喇沁固山贝子扎拉丰阿之子丹巴多尔济。
- 荣亲王永琪长女县君：嫁阿拉善亲王罗卜藏多尔济之子旺亲班巴尔。
- 三等侍卫弘瞩之女：嫁厄鲁特贝勒富塔喜。
- 礼亲王永恩次女：嫁喀喇沁贝勒索诺木巴禄尔之子根都扎布。
- 辅国公永琨之女：嫁喀喇沁贝子丹巴多尔济。
- 贝勒永瑗之女：嫁科尔沁郡王达锡端多布。
- 履亲王永珹次女县主：嫁阿拉善亲王罗卜藏多尔济之子旺沁巴穆巴尔。
- 定亲王绵恩长女郡主：嫁喀喇沁多罗郡王端珠布色布腾之子满珠巴咱尔。
- 成亲王永瑆次女县主：嫁敖汉部固山贝子德威多尔济。
- 质亲王永瑢第五女县主：嫁敖汉部郡王德钦。
- 贝勒永瑗之女：嫁喀尔喀郡王蕴端多尔济。
- 履亲王永珹第三女县主：嫁敖汉部公爵纳穆扎勒多尔济。
- 嘉庆第三女庄敬公主：嫁科尔沁郡王索特纳木多布斋。
- 嘉庆第四妇庄静公主：嫁土默特贝子玛尼巴达喇。
- 顺承郡王伦柱第十一女：嫁阿拉善亲王囊栋布苏隆。
- 庄亲王绵课第十女：嫁翁牛特部郡王敖那克勒迪。
- 贝勒文和次女：嫁科尔沁亲王僧格林沁。
- 怡亲王奕勋长女：嫁土默特贝子德勒克色楞。
- 贝勒永珠次女：嫁喀喇沁郡王布尼雅巴拉长子色伯克多尔济。
- 贝勒奕绘（荣亲王永琪之孙）长女：嫁喀尔喀亲王车登巴咱尔。
- 贝勒奕绮长女：嫁敖汉部郡王达尔玛格尔之子达旺之克坦。
- 贝子祥端长女：嫁喀喇沁郡王多尔济。
- 道光第四女寿安公主：嫁奈曼部台吉德穆楚克扎布。
- 怡亲王载垣长女郡主：嫁科尔沁亲王伯彦讷谟祜（僧格林沁之子）。
- 顺承郡王春山之女：嫁敖汉贝子达克沁。
- 惠亲王绵愉之女：嫁喀喇沁郡王多尔济（娶贝子祥端长女为妻）之子旺都特那木济勒。
- 瑞郡王奕志第七女：嫁贝勒那尔苏（僧格林沁之孙，伯颜讷谟祜之子）。
- 庆亲王奕劻长女：嫁喀尔喀亲王那彦图。
- 贝勒溥庄之女：嫁奈曼部郡王玛什巴图尔。
- 克勤郡王晋祺之女：嫁科尔沁亲王那木济勒色楞。
- 睿亲王魁斌之女：嫁科尔沁亲王阿穆尔灵圭。
- 克勤郡王晋祺之女：嫁科尔沁冰图郡王棍楚克苏隆。
- 贝勒载澍次女：嫁科尔沁亲王色旺端鲁布。
- 肃亲王善耆之女：嫁科尔沁亲王业喜海顺。
以上皆為近支公主，格格。 出处《清朝满蒙联姻研究》