Фамилия Степаненко принадлежит к древнему и распространенному типу родовых именований, образованных от обиходных форм крестильных имен.
Религиозная традиция, утвердившаяся на Руси с принятием христианства, обязывала называть ребенка в честь того или иного святого, почитаемого православной церковью. Практически все церковные имена исторически восходят к древним языкам – греческому, латыни, древнееврейскому, из которых они были заимствованы. Эти непривычные по звучанию и непонятные по смыслу имена обычно «обкатывались» живой речью, пока не начинали звучать вполне по-славянски, а в повседневном общении приобретали множество обиходных, «домашних» форм.
Фамильное именование Степаненко образовалось в качестве отчества от мужского крестильного имени Стефан, вернее, от его «обрусевшей» формы. В связи с тем, что древнерусскому языку звук «ф» не был свойственен, данное церковное имя в повседневной речи произносили как Степан.
В основе имени Стефан лежит существительное «стефанос», которое в переводе с греческого языка означает «венок, венец, корона, диадема». Обладателя данного имени оберегают несколько небесных покровителей: апостол-первомученик Стефан; преподобный Стефан – царь Сербский, мироточивый; преподобный Стефан Ксилипит (древяник); мученик Стефан Казанский; святитель Стефан, патриарх Константинопольский; преподобный Стефан Новосиятель; преподобный Стефан Савваит, творец канонов. Считалось, что при образовании фамилии от крестильного именования предка заступничество святых имени будет распространяться на весь род.
По славянской традиции Степан является покровителем лошадей. В Степанов день животных кропили священной водой и поили через серебро, считая, что это придает им силу и красоту, делает послушными, оберегает от напастей и нечистой силы. Именно по этой причине имя Степан было так популярно в казачьих семьях. Выбирая ребенку имя, родители надеялись, что их отпрыск станет выдающимся наездником, а конь никогда его не подведет.
Во времена Киевской Руси патронимический суффикс «-енко» у южных славян означал «маленький» или «сын такого-то». В XIII-XV веках немалая часть фамильных прозвищ, записанных на Украине, в южных землях Белой Руси и на юго-западе Московской Руси, была образована при участии этого суффикса. С этим и связана распространенность фамилий с суффиксом «-енко» на Украине, а также на юге Белоруссии и в России. Позднее древний суффикс «-енко» перестал пониматься буквально и сохранился лишь в качестве фамильного, а в XVII столетии фамилии на «-енко» стали преобладающими на территории всей Восточной Украины. Так на основе личного имени предка Степан и появилась фамилия Степаненко.
О точном месте и времени возникновения фамилии Степаненко в настоящий момент говорить сложно, поскольку процесс формирования родовых имен длился столетиями. Однако можно утверждать, что данное семейное именование является ярким свидетельством взаимодействия различных национальных культур.